Lietuvos okupacijos metais ambasados vieta pasikeitė – persikėlė į pastato patalpas, esančias adresu Via Giovanni Aldega 2. Kuriais metais tai įvyko, nėra žinoma, tačiau aišku, kad ji čia veikė iki Lietuvos atstovo prie Šv. Sosto Stasio Girdvainio mirties 1970-aisiais. Mirus S. Girdvainiui, atstovo prie Šv. Sosto funkcijas perėmė Stasys Lozoraitis jaunesnysis, o ambasada buvo perkelta į Lozoraičių namus, adresu Via Po 40.